בבית המקדש השני, מחצית השקל היה הסכום של מִסי המקדש ששילם כל גבר יהודי פעם בשנה בא' באדר. זו הסיבה שהשבת שלפני ראש חודש אדר נקראת "שבת שקלים". סכום זה מבוסס על תרומת מחצית השקל מפרשת כי תישא בספר שמות. התקן של השקל הרגיל בימי בית ראשון היה 11.35 גרם; מכאן שמשקל מחצית השקל הוא 5.67 גרם. משקל זה גם נקרא "בקע לגולגולת", ("בקע" מלשון לבקוע מחצית ממשקל השלם), ואכן, משקולות מימי בית ראשון שעליהן האותיות "בקע" נמצאו עם משקולות שעליהן שמות של יחידות משקל אחרות. בימי בית ראשון עדיין לא הונהגו מטבעות, והתשלום נעשה בעזרת מתכת כסף. מטבעות החלו להופיע רק בסוף ימי בית ראשון.

בימי בית שני היו המטבעות נפוצים ביותר, ונקבע כי תשלום מחצית השקל יהיה בשקל צורי, שהיה בעל אמינות גבוהה.

קולקצית התכשיטים של מחצית השקל

ד"ר ברקאי מספר כי ההתחלה של פרויקט הסינון לא הייתה פשוטה. לאחר שב־2004, סוף־סוף קיבלו הארכאולוגים אישורים לסנן את העפר מהר הבית, נתקל הפרויקט בקשיים כלכליים. ב־2005 נרתמה עמותת אלע"ד למשימה ופרשה את חסותה עליו, והפכה אותו לפרויקט חינוכי, שבו אלפי מבקרים בשנה לוקחים חלק בסינון העפר. באחד הימים, ילד בן שמונה שבא להשתתף בפרויקט מצא מטבע. לאחר שניקו אותו הסתבר כי זהו מטבע מחצית השקל משנת א' למרד, שנת 66/67 לספירה. על המטבע מופיעים ענף שעליו שלושה רימונים וכתובת בכתב עברי קדום: "ירושלם קדשה" (ירושלים הקדושה); בצד האחר מופיעים הכתובת "חצי השקל", גביע העומר ומעליו האות א' לציון השנה הראשונה למרד. שרידי פגיעה ניכרים על המטבע ובעיקר בקצותיו – ככל הנראה, תוצאה של שרֵפה – השרֵפה של חורבן בית שני בשנת 70 לספירה, כשלוש שנים לאחר שהוטבע. חשיבותו של המטבע רבה ביותר; הוא עבה, עשוי כסף טהור ובעל נוכחות מרשימה.

 מטבעות כאלו ידועים לנו עוד מראשית המחקר: מטבעות דומים נמצאו בעיר דוד, ברובע היהודי ובהר הזיתים, אך זו הפעם הראשונה שמטבע כזה נמצא בשטח הר הבית. מטבעות מחצית השקל הוטבעו לכל אורך המרד ברומאים, עד שנת 70 לספירה.  הצורך במטבעות התעורר בעקבות המלחמה והמצור על ירושלים, מרצון לשמור על המשך פעילות תקינה בבית המקדש. 

הטבעת מטבעות הייתה סממן של שלטון עצמי; הרומאים לא התירו לנתיניהם להטביע מטבעות כסף משל עצמם. הטבעת מטבעות מחצית השקל מימי המרד ברומאים הייתה הפעם הראשונה בהיסטוריה שהיהודים טבעו מטבעות כסף משל עצמם למימוש שלטון עצמאי. 

 

ד"ר ברקאי מספר על חשיבותו הגדולה של הר הבית לאנשי המרד הגדול. שימושם העיקרי של מטבעות הכסף בתקופה זו היה לצורכי בית המקדש. הר הבית היה מתחם גדול שהשתרע על פני כ־145 דונם. במתחם זה היו מבנים רבים, בהם מבנים השייכים לתפעול המנהלתי של חיי הקהילה כמו לשכת הסנהדרין. לדברי ד"ר ברקאי, חוקרים רבים מעריכים שמכיוון שהטבעת מטבעות כסף בימי המרד הייתה אינטרס של מנהיגי המרד, המִטבעה פעלה בשטח הר הבית. הנחה זו סבירה בהתחשב בתמונת המצב של אותן שנים: מלחמה ברומאים הסוגרים אט־אט על ירושלים בד בבד עם שמירה על הפעילות השוטפת בבית המקדש בלא הפסקה. 

ד"ר יעקב משורר ז"ל, מחשובי חוקרי המטבעות, מציע בספרו "אוצר מטבעות היהודים" כי עוד לפני כן, בימיו של הורדוס, כבר הוטבעו שקלים צוריים בירושלים עקב צורכי המקדש.